Kariéru arbitra ukončil pred desiatimi rokmi vinou zdravotných problémov, ostatnú dekádu pôsobí ako klubový funkcionár. Po zavesení píšťalky na klinec v októbri 2008 pracoval v ukrajinskom Šachtare Doneck ako riaditeľ medzinárodného úseku. Od decembra 2015 je športový riaditeľ gréckeho PAOK Solún, v ktorom bol deväť mesiacov aj prezidentom.
„Priznám sa, že ako päťdesiatnik sa cítim mladšie, ako keď som mal štyridsať. Je to asi tým, že už som pár mesiacov dedko, takže človek má novú inšpiráciu a chuť do života a tú pohodu cítiť aj v práci,“ prezradil Micheľ v rozhovore pre denník Šport. Dôvod na radosť má z vnučky Adélky, ktorá prišla na svet vlani 1. septembra.
Micheľ tretí rok pracuje v tíme čerstvého víťaza Gréckeho pohára PAOK Solún. K spokojnosti mu však chýba zisk majstrovského titulu. PAOK, ktorého súčasťou je aj slovenský reprezentant Róbert Mak, obsadil v tejto ligovej sezóne druhé miesto o tri body za AEK Atény.
„PAOK, podobne ako Šachtar, má ambície získať majstrovské tituly a chce sa etablovať na európskej scéne. V Grécku to však nie je také jednoduché, nestačí mať najlepšie mužstvo, aby ste vyhrali titul,“ pokračoval sklamaný Micheľ.
Solúnčanom chýbali práve tie tri body, ktoré im odňalo vedenie ligovej súťaže za „extempore“ majiteľa i prezidenta klubu Ivana Savvidisa, ktorý v zápase s AEK Atény vbehol ozbrojený na trávnik. Navyše duel skontumovali v prospech aténskeho klubu 3:0. PAOK neodohral ani stretnutie s Olympiakosom Pireus po tom, ako ich trénera trafila do hlavy rolka papiera.
„V Grécku ma najviac prekvapuje, aký vplyv majú rôzni ľudia na to, čo sa deje vo futbale. Nechcem hovoriť o korupcii, no také niečo som ešte nikde nezažil. Nestretol som sa s tým, aby bola taká miera tolerancie voči diktátu jedného-dvoch klubov,“ povedal Micheľ.
V kariére dosiahol mnohé úspechy, už vo veku 25 rokov sa dostal na listinu rozhodcov Medzinárodnej futbalovej federácie (FIFA). Ľuboš Micheľ pískal finále Pohára UEFA 2002/2003 (dnešná Európska liga pozn.) aj Ligy majstrov 2007/2008, pod jeho taktovkou bolo aj finále Pohára konfederácii FIFA 2005 či ME 1998 hráčov do 21 rokov. Predstavil sa na dvoch svetových šampionátoch 2002 a 2006 a troch majstrovstvách Európy 2000, 2004, 2008.