Tridsaťsedemročný rodák z Humpolca podpísal kontrakt na dva roky, po Čebraťom mu bude asistovať Jiří Jarošík.
Holoubek viedol v jari 2018 hráčov severočeského Liberca, predtým pracoval pri mládeži v Sparte Praha. Na Letnej krátko viedol ako hlavný tréner aj A-tím a pri debute získal dokonca skalp Interu Miláno v Európskej lige.