Český majster FC Viktoria Plzeň s enklávou slovenských futbalistov (Matúš Kozáčik, Patrik Hrošovský, Michal Ďuriš, Marek Bakoš, Jakub Hromada) bude čeliť v E-skupine AS Rím, ďalej premožiteľovi Spartaka Trnava z 3. predkola EL – rakúskej Austrii Viedeň a rumunskému tímu Astra Giurgiu. Slovan Liberec s trojicou Slovákov Martin Dúbravka, Filip Lesniak, Igor Súkenník dostal za protivníkov v J-skupine taliansku Fiorentinu, grécky PAOK Solún a FK Karabach z Azerbajdžanu. Aj tretí český zástupca v skupinovej fáze Európskej ligy narazí na súpera z talianskej Serie A: Sparta Praha si v K-skupine zmeria sily s Interom Miláno, ďalej s anglickým FC Southampton a izraelským klubom FC Hapoel Beer Ševa.
Ruský tím Zenit Petrohrad, v ktorom od leta účinkuje slovenský reprezentant Róbert Mak, nastúpi v D-skupine proti holandskému AZ Alkmaar, izraelskému Maccabi Tel Aviv a írskemu prekvapeniu tohtosezónnej edície FC Dundalk. Piatkový popoludňajší žreb v Monaku prisúdil premožiteľovi AS Trenčín z play-off Rapidu Viedeň do F-skupiny EL Athletic Bilbao (Šp.), KRC Genk (Belg.) a US Sassuolo (Tal.), v drese rakúskeho klubu z metropoly pôsobí slovenský reprezentant – brankár Ján Novota. Z ďalších skupín možno očakávať zaujímavé a vyrovnané boje v „géčku“, kde sú Ajax Amsterdam (Hol.), Standard Liége (Belg.), Celta Vigo (Šp.) a Panathinaikos Atény (Gréc.). Naopak, „papierovo“ ľahká sa zdá byť B-skupina s klubmi Olympiakos Pireus (Gréc.), APOEL Nikózia (Cyp.), Young Boys Bern (Švaj.) a FC Astana (Kaz.).
Obhajovať celkové prvenstvo v tejto druhej najprestížnejšej európskej pohárovej súťaži zatiaľ nebude španielsky klub FC Sevilla, ktorý sa dostal do skupinovej fázy Ligy majstrov 2016/2017. Neúspešný finalista z uplynulého ročníka EL, anglický FC Liverpool, si nevybojoval miestenku do pohárových súťaží na starom kontinente.
Úvodné kolo skupinovej fázy Európskej ligy 2016/2017 je na programe 15. septembra. Ďalšími hracími dňami sú 29. september, 20. október, 3. a 24. november a 8. december 2016. Žreb šestnásťfinále EL (prvé zápasy 16. 2., odvety 23. februára 2017), do ktorého postúpia prvé dve mužstvá v tabuľkách jednotlivých skupín (spolu 24) a k nim sa pridajú tretie tímy v klasifikácii základných skupín Ligy majstrov (8), sa uskutoční 12. decembra 2016 v Nyone. Finálový duel Európskej ligy je na programe 24. mája 2017 vo švédskom Štokholme.
Zloženie základných skupín Európskej ligy:
A-skupina: Manchester United (Angl.), Fenerbahce Istanbul (Tur.), Feyenoord Rotterdam (Hol.), Zaria Lugansk (Ukr.)
B-skupina: Olympiakos Pireus (Gréc.), APOEL Nikózia (Cyp.), Young Boys Bern (Švaj.), FC Astana (Kaz.)
C-skupina: RSC Anderlecht Brusel (Belg.), AS Saint-Étienne (Fr.), FSV Mainz 05 (Nem.), FK Gabala (Azer.)
D-skupina: Zenit Petrohrad (Rus.), AZ Alkmaar (Hol.), Maccabi Tel Aviv (Izr.), FC Dundalk (Ír.)
E-skupina: FC Viktoria Plzeň (ČR), AS Rím (Tal.), FK Austria Viedeň (Rak.), Astra Giurgiu (Rum.)
F-skupina: Athletic Bilbao (Šp.), KRC Genk (Belg.), SK Rapid Viedeň (Rak.), US Sassuolo (Tal.)
G-skupina: Ajax Amsterdam (Hol.), Standard Liége (Belg.), Celta Vigo (Šp.), Panathinaikos Atény (Gréc.)
H-skupina: Šachtar Doneck (Ukr.), Sporting Braga (Portug.), KAA Gent (Belg.), Konyaspor (Tur.)
I-skupina: Schalke 04 Gelsenkirchen (Nem.), Red Bull Salzburg (Rak.), FK Krasnodar (Rus.), OGC Nice (Fr.)
J-skupina: ACF Fiorentina (Tal.), PAOK Solún (Gréc.), FC Slovan Liberec (ČR), FK Karabach (Azer.)
K-skupina: Inter Miláno (Tal.), AC Sparta Praha (ČR), FC Southampton (Angl.), FC Hapoel Beer Ševa (Izr.)
L-skupina: FC Villarreal (Šp.), Steaua Bukurešť (Rum.), FC Zürich (Švaj.), Osmanlispor (Tur.)
Zloženie výkonnostných košov pred žrebom:
1. kôš: Schalke 04 Gelsenkirchen (Nem.), Zenit Petrohrad (Rus., Róbert Mak), Manchester United (Angl.), Šachtar Doneck (Ukr.), Athletic Bilbao (Šp.), Olympiakos Pireus (Gréc.), FC Villarreal (Šp.), Ajax Amsterdam (Hol.), Inter Miláno (Tal.), ACF Fiorentina (Tal.), RSC Anderlecht Brusel (Belg.), FC Viktoria Plzeň (ČR, Matúš Kozáčik, Patrik Hrošovský, Michal Ďuriš, Marek Bakoš, Jakub Hromada)
2. kôš: AZ Alkmaar (Hol.), Sporting Braga (Portug.), Red Bull Salzburg (Rak.), AS Rím (Tal.), Fenerbahce Istanbul (Tur., Martin Škrtel, Miroslav Stoch), AC Sparta Praha (ČR), PAOK Solún (Gréc.), Steaua Bukurešť (Rum.), KRC Genk (Belg.), APOEL Nikózia (Cyp.), Standard Liége (Belg.), AS Saint-Étienne (Fr.)
3. kôš: KAA Gent (Belg.), Young Boys Bern (Švaj.), FK Krasnodar (Rus.), SK Rapid Viedeň (Rak., Ján Novota), FC Slovan Liberec (ČR, Martin Dúbravka, Filip Lesniak, Igor Súkenník), Celta Vigo (Šp.), Maccabi Tel Aviv (Izr.), Feyenoord Rotterdam (Hol.), FK Austria Viedeň (Rak.), FSV Mainz 05 (Nem.), FC Zürich (Švaj.), FC Southampton (Angl.)
4. kôš: Panathinaikos Atény (Gréc.), US Sassuolo (Tal.), FK Karabach (Azer.), FC Astana (Kaz.), OGC Nice (Fr.), Zaria Lugansk (Ukr.), Astra Giurgiu (Rum.), Konyaspor (Tur.), Osmanlispor (Tur.), FK Gabala (Azer.), FC Hapoel Beer Ševa (Izr.), FC Dundalk (Ír.)