Obhajca prvenstva AS Trenčín v prípade postupu cez MŠK Púchov v treťom kole si následne zmeria sily s úspešnejším z dvojice MŠK Thermál Veľký Meder – MŠK Fomat Martin.
Na neúspešného finalistu z uplynulého ročníka domácej pohárovej súťaže ŠK Slovan Bratislava čaká v šestnásťfinále Slovnaft Cupu duel na trávniku FK Slovenské Ďarmoty v okrese Veľký Krtíš. V hre je naďalej všetkých 12 klubov Fortuna ligy, každý z nich bude hrať v tejto fáze na trávniku súpera.
Aktuálnemu lídrovi najvyššej slovenskej súťaže MŠK Žilina prisúdil pondelňajší pohárový žreb za šestnásťfinálového protivníka ŠK Odeva Lipany, priebežne druhý tím Fortuna ligy ŽP Šport Podbrezová nastúpi na pôde MFK Skalica a momentálne tretie mužstvo ligovej tabuľky MFK Ružomberok absolvuje konfrontáciu proti ŠK Slovan Šimonovany-Partizánske.
Stanovený termín šestnásťfinálového 4. kola Slovnaft Cupu je 27., resp. 28. septembra 2016, osemfinálové 5. kolo je na programe 18. októbra 2016. Štvrťfinále, ktoré sa bude hrať tiež na jeden zápas, sa uskutoční 7. marca 2017. Semifinále národného pohára má termíny 5. a 11. apríla (hrá sa na odvetu), finále Slovnaft Cupu by sa malo odohrať 1. mája 2017.
Žreb šestnásťfinálového 4. kola Slovnaft Cupu:
TJ Družstevník Liptovská Štiavnica – FC DAC 1904 Dunajská Streda
AFC Nové Mesto nad Váhom – FC Spartak Trnava
OFK Malženice – 1. FC Tatran Prešov
FK CSM Tisovec – FK Poprad
MFK Skalica – ŽP Šport Podbrezová
ŠK 1923 Gabčíkovo/FK Slovan Duslo Šaľa – Spartak Myjava
ŠKF Sereď – FC ViOn Zlaté Moravce-Vráble
ŠK Odeva Lipany – MŠK Žilina
TJ Višňové – MFK Tatran Liptovský Mikuláš
ŠKM Liptovský Hrádok – FC Lokomotíva Košice
FC Nový Život – MFK Zemplín Michalovce
TJ Slovan Brvnište – FC Nitra
FK Spišská Nová Ves – TJ Družstevník Veľké Ludince/FK Senica
FK Slovenské Ďarmoty – ŠK Slovan Bratislava
ŠK Slovan Šimonovany-Partizánske – MFK Ružomberok
MŠK Thermál Veľký Meder/MŠK Fomat Martin – MŠK Púchov/AS Trenčín